北京市护国寺中医医院始建于1952年。是北京市成立最早的公立中医医疗机构之一。从六十年代起，就作为北京中医学院(现北京中医药大学)的教学，实习医院，1994年正式成为北京中医药大学附属医院。
1995年被评为国家二级甲等中医医院，1996年被评为全国示范中医医院。1997年又被评为首都精神文明先进单位和西城区文明示范窗口单位。同时还作为中国中医研究院针灸研究所外国留学生的临床实习医院，每天接待大虽国内外学习、参观、就诊人员。
北京市护国寺中医医院以中医中药为主体，是全面承担着医疗、教学、科研、预防、社区保健和康复任务的综合性中医医院，在国内、外享有较商声誉。现有职工500多人，其中高级职称专业技术人员50余人，技术力量雄厚。医院开设有内、外、针、骨科病床300张。
北京市护国寺中医医院门诊设中医内、外，针、骨、妇、儿，皮、眼、五官、口腔、急诊、肠道及放射、检验、心电、超声、心脑功能检查、胃镜、理疗、手术室、中西药房、中西药制剂等科室30余个。有普通门诊、专家门诊、外宾门诊为患者提供优质服务。每日门诊量近千人次，全年无休日开诊。
北京市护国寺中医医院院内针灸科设有中风病房和康复体疗室，在治疗中风病方面形成抢救，治疗、功能恢复、肢体锻炼完整的一条龙治疗体系，同时科内就中风病的机理诊治开展了多项科研活动，使该病种治疗的有效率在98%以上。
北京市护国寺中医医院内科专家汇集，分专业收治心血管、呼吸、肾病，脾胃病，糖尿病、肿瘤等疾病，并建立CCU病房。全国著名中医内科专家屠金城教授和北京市著名专家许鹏龄被授以及其它众多专家定期应诊。
骨伤科继承前清宫庭御医夏锡五正骨按摩手法，采用中西医两种方法为骨伤患者提供挺好的服务。全国著名骨伤专家夏氏手法传人吴定寰教授 和其它专家定期应诊，科内针对各种骨伤病形成了独具特色的完整的诊疗规范。骨伤科已被市中医管理局定为北京中医骨伤治疗中心建设单位。
中医儿科运用中医传统的三伏穴位贴药的方法治疗儿童哮喘等多种疑难病症，使患者痛苦极小，疗效颇佳，在全国具有相当的知名度。
此外该院还在治疗皮肤病、妇女不孕症、耳聋、男科病、心理疾病等，也具有特色。该院还承担着西城区近125000多人口的社区保健服务。
北京市护国寺中医医院现拥有一批较先进的医疗设备，如进口全自动生化分析仪、日产500毫安X光机，B型超声波诊断仪、彩色多普勒颅脑超声仪、心电监护仪、超声心动检查仪，动态心电图机、自动呼吸机、纤维内窥镜、血气分析仪等。
这些都为医院提高现代医学的诊断、治疗水平中发挥着积极作用。同时，医院还有全套中药制剂设备，医院制剂中心为本院或外院生产药剂上百种。其中许多制剂都有独特疗效，在京城享有很高的声誉。
医院每年接待大量北京及全国的忠者就医，以病人为中心，为广大患者服务是医院服务的宗旨，热忱欢迎全国乃至全世界的朋友前来就诊、交流与合作。